Harry Potter látszólag egy átlagos tizenegy éves fiú, de valójában varázsló ő, aki túlélt egy gyilkossági kísérletet, melyet a gonosz Voldemort nagyúr, a sötét mágus hajtott végre, mikor Harry még csak egyéves volt. Voldemort megölte Harry szüleit, de meglepetésre, képtelen volt végezni a csecsmővel, s ez kis híján elpusztította őt. Harry egyetlen élő rokonához, nagynénjéhez és családjához került, Dursleyékhez, akik kiváltképp elleneznek mindenféle mágiával kapcsolatos dolgot, így Harrynek is azt mondják, szülei autóbalesetben vesztették életüket. A tizenegyedik születésnapján azonban, Harryt meglátogatja egy hatalmas, titokzatos idegen, akit Hagridnak hívnak, s aki felvilágosítja róla: valójában varázsló, s egyben a leghíresebb a varázsvilágban, mivel egyedül ő élte túl Voldemort támadását. Harry meghívást kap a Roxfort Boszorkány- és Varázslóképző Szakiskolába, hogy megkezdje tanulmányait.

Bácsikája és nénikéje heves ellenzése ellenére Harry az iskolát választja, ahol megismeri a mágiát és barátokat szerez – meg ellenségeket. Megtudja, Voldemort az ellene való támadás óta halálközeli állapotban lebeg, mert a gyilkos átok visszafelé sült el, így őt érte. Azonban most tervek szövődnek, hogy Voldemort visszanyerje egykori erejét, s halhatatlanná váljon, méghozzá a bölcsek köve segítségével. Harry és barátjai, Hermione Granger és Ron Weasley tudomást szereznek az összeesküvésről, így maguk is a kő keresésére indulnak, hogy előbb találják meg a nagyúrt szolgálóknál. Az értékes tárgyat a Roxfortban őrzik, s számos akadály, köztük egy háromfejű kutya és egy hatalmas sakktábla vár azokra, akik meg akarják lelni.

Változtatások a könyvhöz képest:

A történet egyszerűsítése érdekében a könyv számos jelenetét kihagyták, illetve megváltoztatták a filmben:

• A könyv elején Vernon bácsi munkába megy, és bosszankodva látja a Voldemort eltűnését ünneplő varázslókat. A film azzal indít, hogy Dumbledore megérkezik Dursleyék házához.
• Az állatkerti séta során Piers Polkiss nincs Dursleyékkel; sőt, teljes mértékben kimarad a filmből.
• Mrs. Figg nem szerepel a filmben.
• Harry nem találkozik Malfoyjal az Abszol úton.
• A Teszlek Süveg nem énekel, és csupán azt látjuk, ahogy a főbb szereplőket (Hermione, Draco, Ron, Harry) osztja be a házba; McGalagony nem ABC-rendben szólítja ki őket.
• Dumbledore évnyitó beszédében a híres "Filkó! Pityer! Varkocs! Dzsúzli!" szavak nem hangzanak el, és a Roxfort indulóját sem éneklik el.
• Hóborc nem szerepel a filmben.
• Bimba professzor és Binns professzor nem szerepelnek a filmben. (Bimba a második részben kap szerepet.)
• Malfoy nem hívja ki párbajra Harryt; akkor tévednek el és találnak rá a tiltott folyosóra, amikor elmennek megnézni James Potter kviddics-kupáját.
• A második kviddicsmeccs, amelyet a Hugrabug ellen játszanak, kimarad a filmből.
• Az a rész, mikor Hagrid sárkányát, Norbertet próbálják titokban kicsempészni a Roxfortból, kimarad; Malfoy akkor jelenti fel őket, amikor először mennek éjjel meglátogatni Hagridot, és megtalálják nála a kis sárkányt. Nem Neville, hanem Ron megy büntetőmunkára a Rengetegbe.
• Ronan és Goron kentaurok nem szerepelnek; Firenze kentaur külseje erősen eltér a könyvbeli leírástól (ott szőke, kék szemű és pej szőrű, a filmben fekete hajú, sárga szemű és sötét szőrű).
• A bölcsek kövét őrző utolsó két akadály (a troll és a bájitalok) kimaradnak a filmből. (Ez logikai következetlenség, hiszen Hagrid a film során korábban azt állítja, Piton segített védeni a követ; a könyvben ő állította fel a bájitalos akadályt).
• Ahol Harry hozzáér Mógus professzorhoz, ott a könyvben a bőre felhólyagosodik, és égési sérülések keletkeznek rajta; a filmben kővé válik és elporlad. Ezt a változást valószínűleg azért eszközölték, hogy gyerekbarátabbá tegyék a filmet. Újabb következetlenség: Harry látja Mógust meghalni, így a harmadik részben látnia kéne a kocsikat húzó thesztrálokat, már csak azért is, mert a szüleit is látta meghalni, akárcsak Neville (tehát nem mondható, hogy túl fiatal – 1 éves – volt ahhoz). (A könyvben elájul, így nem szemtanúja Mógus halálának.)